En la historia de Japón, los ninja (忍者, ninja? ninja o shinobi) eran un grupo militar de mercenarios entrenados especialmente en formas no ortodoxas de hacer la guerra, en las que se incluía el asesinato, espionaje,sabotaje,reconocimiento y guerra de guerrillas, con el afán de desestabilizar al ejército enemigo, obtener información vital de la posición de sus tropas o lograr una ventaja importante que pudiera ser decisiva en el campo de batalla.
Para sus propósitos utilizaban una amplia gama de armas y artefactos como espadas, shuriken o cadenas, además de ser expertos en la preparación de venenos, pócimas y bombas. Del mismo modo, eran entrenados en el uso del «arte del disfraz», que utilizaban a menudo para pasar desapercibidos dependiendo de la situación imperante en el lugar en el que se tuvieran que introducir, a diferencia de la típica vestimenta con la que hoy día se les identifica.
Pocas organizaciones militares han sido tan difundidas y al mismo tiempo tan incomprendidas como los ninjas de Japón y gran parte de la historia de este grupo se basa en mitos o exageraciones, lo que ha dificultado su estudio y comprensión. De esta forma, a lo largo de la historia, muchas muertes ocurridas en algún momento oportuno fueron atribuidas a este grupo militar, pero debido al hermetismo de sus misiones es imposible saber exactamente el número de muertes que causaron.
Los ninjas fueron tanto temidos como utilizados por los líderes militares debido a que su naturaleza era totalmente contraria a los ideales del samurái.En el caso de los samurái, el daimyō no podría exponerlos a trabajos como el espionaje o asesinatos encubiertos, debido a que si eran descubiertos su reputación quedaría destrozada. Por ese motivo preferían contratar a ninjas, que generalmente procedían de clases sociales bajas, para que realizaran ese tipo de trabajos.
Los orígenes de los shinobi, otra palabra utilizada para referirse a este grupo militar, son inciertos, aunque su antecedente más preciso se encuentra en el siglo VI de nuestra era y no es hasta el siglo XV cuando se pueden identificar plenamente sus actividades y características. Al igual que los samurái, tuvieron su momento cumbre durante el período Sengoku de la historia de Japón, una etapa de gran inestabilidad y conflictos bélicos por la lucha del poder interna del país, que terminaría al establecerse el shogunato Tokugawa, época donde tendrían sus últimas apariciones.
